10月30日下午,中国科学院生态环境研究中心邓晔研究员应微生物技术国家重点实验室陈显轲博士后和陈林旭副教授的邀请,做客“格微致知-研究生创新特色课程”,作了题为“微生物功能类群的检测和研究”的学术报告。国重室百余名师生参加了此次课程。
邓晔首先明确了微生物群落对生态系统功能的重大贡献,指出如何有效地使用微观数据来反映其在宏观上的响应是充满挑战的,特别是缺乏基于微生物功能基因反映微生物宏观生态过程的研究技术和手段。因此,本次课程邓晔着重讲授了微生物功能基因、功能类群以及相应的检测技术和分析手段。
在功能基因的研究方面,邓晔向在座的同学讲解了数值微滴PCR(ddPCR)技术,指出数据库是功能基因研究的核心和限制步骤,通过利用已知功能基因构建的数据库可以完成对未知测序基因的分析。以“尿素添加对草地土壤氮循环的影响”为例,叙述了通过功能基因引物设计、氮循环基因ddPCR定量等手段揭示氨化细菌和硝化古菌主导的土壤深层硝酸盐积累的生态过程,同时表明了ddPCR在功能基因检测中的优势。
在功能类群多样性的研究方面,邓晔详细介绍了单细胞融合基因技术(epicPCR)和宏基因功能基因序列的重建(REMIRGE)技术。以“有机肥促使抗性基因在土壤细菌间的传播”的案例,深入浅出地介绍了epicPCR技术在功能类群研究中的应用过程。利用开发的REMIRGE方法揭示了海马冷泉功能类群多样性,并构建了相关代谢过程图,突破了现有功能基因数据库不完整的局限性。
最后,邓晔与在场的师生就本次报告内容展开了深入的讨论和交流,大家踊跃发言,热情满满。本次课程持续近两个小时。
邓晔,研究员,中国科学院大学岗位教授,博士生导师。现任中国科学院环境生物技术重点实验室副主任,中国生态学学会微生物生态专业委员会秘书长,《The ISME Journal》资深主编,《Microbiome》等五本SCI期刊副主编。2018-2023年连续六年获科睿唯安(Clarivate)全球高被引科学家,入选斯坦福大学全球2%高影响力学者和爱思唯尔(Elsevier)中国高被引学者。