教育背景
博士 起止时间、毕业院校及专业：2000/09-2004/07 山东大学 发育生物学
硕士 起止时间、毕业院校及专业：1991/09-1994/07 山东师范大学 遗传学
学士 起止时间、毕业院校及专业：1987/09-1991/07 山东师范大学 生物学
工作经历
起止时间 单位名称 专业技术职务
2013/09-至今 山东大学微生物技术国家重点实验室 教授
2006/09-2013/08 山东大学微生物技术国家重点实验室 副教授
2004/09-2006/08 山东大学微生物技术国家重点实验室 讲师
1996/09-2004/08 山东大学医学院生物化学系 讲师
1994/09-1996/08 山东大学医学院生物化学系 助教
研究方向：
1.胃肠道微生物与重大免疫、代谢和发育异常等相关疾病的关联性模式：结合医学大数据和生物信息学分析，开发人工智能驱动的多模态数据融合算法，系统阐明微生物组-免疫代谢界面-宿主的致病机理，为疾病精准诊疗提供理论依据和创新技术体系。
2.胃肠道机会致病菌/益生菌与宿主黏膜上皮细胞相互作用机制研究：发现与疾病密切相关的靶向菌，探讨菌-宿主细胞相互作用过程中的识别、信号传递和宿主细胞响应机制。
3.重大疾病早期诊断及微生物技术创新诊疗方案开发：开展微生物技术与临床医学联合应用开发重大疾病早期诊断分子标记物、疾病早期阻断和全面、个性化干预和治疗方案。
主要项目：
1.微生物高通量培养与表征，国家重点研发计划，2021-2026,课题负责人。
2.肠道微生态与肿瘤和呼吸系统重大疾病相关性以及临床干预研究，院校合作横向项目，2021-2024,项目负责人。
3.胃部菌群与胃癌发生的相关性及化疗药物与益生菌联合对胃微生态干预研究，青岛科技局惠民项目，2022-2024,项目负责人。
4.基于肠道菌群调节对军人抑郁症的新诊疗方案的系统分析和评价，山东大学交叉学科研究项目，2019-2021,课题共同负责人。
5.益生菌靶向干预对军人幽门螺旋杆菌感染和胃慢性炎症治疗的临床效果评价，山东大学交叉学科研究项目，2021-2023,课题共同负责人。
6.新型深海酯酶EstD的催化特性和适应深海低温环境的适冷机制，国家自然科学基金面上，2017-2020，课题负责人。
7.微生物在海洋生源活性气体循环中的作用与机制，国家重点研发计划，2016-2021，课题负责人。
代表性论文：
1.Wang B#, Luan J#, Zhao W#, Yu J, Li A, Li X, Zhong X, Cao H, Wang R, Liu B, Lu S, Shi M*. Comprehensive multiomics analysis of the signatures of gastric mucosal bacteria and plasma metabolites across different stomach microhabitats in the development of gastric cancer. Cell Oncol, 2025, 48:139-159.
2.Wang YB, Ren MB, Wang YF, Wang L, Liu H, Shi M*, Zhong YH*. Constitutive overexpression of cellobiohydrolase 2 in Trichoderma reesei reveals its ability to initiate cellulose degradation. Engineering Microbiology3, 2023, 100059.
3.Wang L, Xie Y, Chang J, Wang J, Liu H, Shi M*, Zhong YH*.A novel sucrose-inducible expression system and its application for production of biomass-degrading enzymes in Aspergillus niger. Biotechnol Biofuels Bioprod. 2023, 16:23
4.Liu B#, Li Y#, Suo L#, Zhang W, Cao H, Wang R, Luan J, Yu X, Dong L, Wang W, Xu S, Lu S, Shi M*. Characterizing microbiota and metabolomics analysis to identify candidate biomarkers in lung cancer. Front Oncol, 2022, 12:1058436.
5.Shi M, Wang HN, Xie ST, Luo Y, Sun CY, Chen XL, Zhang YZ. Antimicrobial peptaibols, novel suppressors of tumor cells, targeted calcium-mediated apoptosis and autophagy in human hepatocellular carcinoma cells. Mol Cancer, 2010, 9:26-41.
6.Shi M, Zhang T, Sun L, Luo Y, Liu DH, Xie ST, Song XY, Wang GF, Chen XL, Zhou BC, Zhang YZ. Calpain, Atg5 and Bak play important roles in the crosstalk between apoptosis and autophagy induced by influx of extracellular calcium. Apoptosis, 2013, 18:435-451.
7.Shi M, Chen L, Wang XW, Zhang T, Zhao PB, Song XY, Sun CY, Chen XL, Zhou BC, Zhang YZ. Antimicrobial peptaibols from Trichoderma pseudokoningii induce programmed cell death in plant fungal pathogens. Microbiology,2012, 158(Pt 1):166-175.
8.Luo Y, Zhang DD, Dong XW, Zhao PB, Chen LL, Song XY, Wang XJ, Chen XL, Shi M*, Zhang YZ. Antimicrobial peptaibols induce defense responses and systemic resistance in tobacco against tobacco mosaic virus. FEMS Microbiol Lett, 2010, 313:120-126.
9.Zhang XY, Han XX, Chen XL, Dang HY, Xie BB, Qin QL, Shi M*, Zhou BC, Zhang YZ. Diversity of cultivable protease-producing bacteria in sediments of Jiaozhou Bay, China. Front Microbiol, 2015, 6:1021.
10.Liu C, Zhang XY, Song XY, Su HN, Qin QL, Xie BB, Chen XL, Zhang YZ, Shi M*. Algimonas arctica sp. nov., isolated from intertidal sand, and emended description of the genus Algimonas. Int J Syst Evol Microbiol, 2015, 65:3256-3261.
11.Li DD, Peng M, Wang N, Wang XJ, Zhang XY, Chen XL, Su HN, Zhang YZ, Shi M*. Arcticibacterium luteifluviistationis gen. nov., sp. nov., isolated from Arctic seawater. Int J Syst Evol Microbiol, 2017, 67:664-669.
12.Li DD, Liu C, Zhang YQ, Wang XJ, Wang N, Peng M, Song XY, Su HN, Zhang XY, Zhang YZ, Shi M*. Flavobacterium arcticum sp. nov., isolated from Arctic seawater. Int J Syst Evol Microbiol, 2017, 67:1070-1074.
