主持国家自然基金6项，国家级、省部级项目10余项，产品开发及企业合作项目20余项。
主持代表性科研项目：
（1）盐单胞菌c-di-GMP合成酶DgcY的局域信号调控网络及应对渗透压胁迫的分子机制，2026年至2029年，国家自然科学基金面上项目
（2）蒜氨酸酶的微生物资源分布趋向及关键酶分子催化机制研究，2021年至2024年，国家自然科学基金面上项目
（3）多家族离子转运蛋白的分子转运机制研究及结构模型构建，2019年至2022年，国家自然科学基金面上项目
（4）NhaD型Na+/H+逆向转运蛋白的环境应答及分子转运机制分析，2017年至2020年，国家自然科学基金面上项目
（5）一株中度嗜盐嗜碱菌Na+/H+逆向转运蛋白转运机制研究，2014年至2017年，国家自然科学基金面上项目
（6）天然活性产物生物制造技术，2021年到2024年，国家重点研发计划
（7）大宗生物基化学品乳酸的生物化学衍生转化，2014年至2016年，科技部863计划L-乳酸产生菌株的代谢调控，2010年至2014年，科技部863计划
（8）碱性造纸黑液菌群结构分析及其在黑液处理、可再生资源利用中的功能菌群和功能基因研究，2010年1月至2012年12月，国家自然科学基金青年基金项目
（9）土壤耐盐功能微生物的定向挖掘技术与应用，中央引导地方资金项目，2022年至2024年
（10）中低产田改良与产能提升关键技术研究与应用，2021年至2024年，山东省重大创新工程项目
（11）酵单母细胞蛋白与高附加值饲料添加剂联产关键技术及产品，2022年至2025年，山东省重大创新工程项目
（12）药用功能酶理性设计与高效生产，2025-2027，企业合作项目
（13）氨基酸及多糖微生物菌种改造，2019年至2022年，企业合作项目
（14）乳清废水菌群多组学分析与重构，2021年至2023年，企业合作项目
（15）豆渣品质提升功能微生物发酵技术，2023年至2024年，企业合作项目
（16）农用功能微生物菌剂与酶制剂开发，2021年至2026年，企业合作项目
代表性论文(*为通讯作者)：
1、Zhang Y, Wang W, Liu Y, Li C, Liu J, Feng L, Gao Y, Peng Y, Wang W, Li C, Xu P,Yang, C.Y.*Dual regulatory role of cyclic di-GMP via the DgcY/HhmR complex in salt response ofHalomonas hydrothermalisY2.mBio2025,16(9):e0149825.
2、Li C, Lv P, Feng L, Liu Y, Zhang Y, Peng Y, Li C,Yang, C.Y.*2025.Structure-based modeling and engineering ofCorynebacterium glutamicumLysE transporter for efficient extrusion of L-arginine.CommunicationBiology8(1):543.
3、Liu Y, Li Y, Peng Y, Feng L, Wang W, Li C, Zhang Y, Wang R, Li C, Ma C,Yang, C.Y.*2024.Identification andcharacterization ofbacterialalliinase: Resource andsubstratestereo specificity.Journal of Agricultural and Food Chemistry72(23):13228-13239.
4、Shang Y, Zhang Y, Wang R, Peng Y, Ding B, Liu Y, Li C, Feng L, Liu H,Yang, C.Y.*,Tang Y.J.*2024.Deciphering the molecular and functional basis of TMexCD1: the plasmid-encoded efflux pump of resistance-nodulation-division superfamily.Antimicrobial Agents and Chemotherapy68(4):e0167823.
5、Lv P, Shang Y, Zhang Y, Wang W, Su D, Wang W, Li C, Ma C,Yang, C.Y.*2022. The pH sensor and ion binding of NhaD Na+/H+antiporter from IT superfamily.MolecularMicrobiology118(3):244-257.
6、Lv P, Li Y, Wang R, Zhang Y, Shang Y,Yang, C.Y.*2022. Structural basis for the arsenite binding and translocation of Acr3 antiporter with NhaA folding pattern.TheFASEB Journal36:e22659.
7、Shang, Y., Lv, P., Su, D., Li, Y., Liang, Y., Ma, C.,Yang, C.Y.*2022. Evolutionary conservative analysis revealed novel functional sites in the efflux pump NorA ofstaphylococcus aureus.Journal of Antimicrobial Chemotherapy77:675–681.
8、Shang, Y., Lv, P., Li, S., Wang, W., Liu, Y.X.,Yang, C. Y.*2021. Allele-based analysis revealed the critical functions of region 277-297 in the NorA efflux pump ofStaphylococcus aureus.Journal of Antimicrobial Chemotherapy76:1420–1427.
9、Zhao, Q., Li, S. N., Lv, P. W., Sun, S. M., Ma, C. Q., Xu, P., Su, H. J.,Yang, C.Y.*2019. High ectoine production by an engineeredHalomonas hydrothermalisY2 in a reduced salinity medium.Microbial Cell Factories18:184.
10、Meng, Y., Yang, Z., Cheng, B., Nie, X., Li, S., Yin, H., Xu, P.,Yang, C. Y.*2017. Functional interaction between the N- and C-termini of NhaD antiporters fromHalomonassp. Y2.Journal of Bacteriology199:1–11.
11、Cheng, B., Meng, Y., Cui, Y., Li, C., Tao, F., Yin, H.,Yang, C. Y*.,Xu, P., 2016. Alkaline response of a halotolerant alkaliphilicHalomonasstrain and functional diversity of its Na+(K+)/H+antiporters.Journal of Biological Chemistry291:26056–26065.
12、Li C. F., Du M. F., Cheng B., Wang L. S., Liu X. Q., Ma C. Q., Xu P.,Yang C. Y*.,2014. Close relationship of a novelFlavobacteriaceaeα-amylase with archaeal α-amylases and good potentials for industrial applications.Biotechnology for Biofuels7:18.
13、Yang, C. Y.,Wang, W., Du, M. F., Li, C. Y., Ma, C. Q.,Xu, P. 2013.Pulp mill wastewater sediment reveals novel methanogenic and cellulolytic populations.Water Research47:683–692.
14、Yang, C. Y.,Niu, Y., Li, C. Y., Zhu, D. Y., Wang, W., Liu, X. Q., Ma, C. Q.,Xu, P. 2013.Characterization of a novel metagenome-derived 6-phospho-β-glucosidase from black liquor sediment.Applied and Environmental Microbiology79:2121–2127.
代表专利：
1、一种防治作物病原菌的生物农药。ZL202210592308.4
2、一种细菌源S-烷基-L-半胱氨酸亚砜裂解酶的筛选及其应用。ZL202219584886.3
3、一种耐高温耐酸的超氧化物歧化酶及其制备和应用。ZL202011491802.9
4、一株具有高发酵密度的芽孢杆菌及其发酵生产方法。ZL2019911039740.5
5、一株产酸的梭菌及其在造纸废水处理中的应用。ZL201310264257.3
6、一种环介导等温扩增法检测枯草芽孢杆菌的引物及其应用。ZL201910739671.2
7、S-(6-己醇）-L-半胱氨酸亚砜制备及其在防治口腔龋齿方面的应用。202210592333.2
8、一种动物诱食、替抗用饲料添加剂及其制备方法。202210592867.5
9、一种用于根结线虫防治的菌酶组合物及其制备方法。202210586649.0
10、一种赖氨酸胺脱氢酶突变体及其在手性胺类化合物合成中的应用。2024106565983
